Jeníkovický potok pramení v Železných horách v obci Sušice. Pramen vyvěrá cca 10 m nad požární nádrží v obci. Potok protéká podhůřím Železných hor, mezi obcemi Jeníkovice a Veselím tento potok přechází ve Struhu, která se vlévá do Labe v obci Valy u Přelouče.